Hlášení o tom, že se v kostele Nanebevzetí panny Marie v Číhošti na Havlíčkobrodsku o druhé adventní neděli v roce 1949, pohnul kříž za oltářem, původně nemělo nikomu ublížit. Místní člen Sboru národní bezpečnosti pouze splnil svou pracovní povinnost a místo toho, aby udal nelegální domácí vepřovou zabijačku, poslal na ministerstvo hlášení, o němž se domníval, že je natolik absurdní, že bude okamžitě smeteno ze stolu. Opak byl však pravdou. Ona zpráva totiž přesně zapadla do konceptu doby, kdy vládnoucí komunistická strana začínala potírat katolickou církev.
Prokuratura proto přišla s verzí, že za celou věcí je farář Josef Toufar, který nastražil mechanismus za který, když tahal, kříž za ním se pohyboval. Chtěl tím údajně docílit větší poslušnosti věřících, protože Vysočina se proti komunistickým praktikám, do nichž patřila kolektivizace zemědělství, začínala stavět odbojně. Pro Toufara si proto 28. ledna 1950 přišla dva příslušníci Státní bezpečnosti (StB), kteří jej večer téhož dne odvezli do vyšetřovací vazby. O případ se začal zajímat i tehdejší prezident Klement Gottwald, který chtěl stůj co stůj Toufarovo přiznání.
Ten však odolával i přes kruté metody vyšetřovatelů a na pokraji fyzických sil dokonce souhlasil s účastí při natáčení propagandistického snímku Běda tomu, skrze něhož přichází pohoršení, které se mělo konat 24. února 1950. Toufar však už nebyl schopen vyjít na kazatelnu a tak jej zastoupil jeden z vyšetřovatelů. Druhý den farář zemřel. Vyšetřování, které se rozběhlo po roku 1990, také zcela jasné světlo do takzvaného Číhošťského zázraku nepřineslo, ovšem vinu za něj s největší pravděpodobností dává Státní bezpečnosti.
