Po válce se jako příslušník nekomunistického odboje stal nepohodlným a v březnu 1946 byl z armády na vlastní žádost propuštěn. Po pádu komunistického režimu působil mimo jiné v Československé obci legionářské, kde byl místopředsedou republikového výboru, či jako předseda Svazu letců RAF v Brně.
Emil Boček se osobně setkal s britskou královnou Alžbětou II. při její návštěvě Brna v roce 1996. Za své bojové hrdinství obdržel vysoká československá a britská válečná vyznamenání. Prezident Václav Klaus mu propůjčil nejvyšší státní vyznamenání Řád Bílého lva III. třídy.
