Po více než 70 letech od smrti se farář Josef Toufar dočkal rehabilitace. Krajský soud v Hradci Králové totiž uznal, že jeho zatčení bylo nezákonné, stejně jako následná vazba, kde farář po sérii krutých výslechů 25. února 1950 zemřel. O jeho očištění se postaral advokát Lubomír Müller, který se specializuje na rehabilitace lidí stíhaných komunistickým režimem. Kromě toho se v současné době snaží o nápravu v případě vraždy v Polné v roce 1899 a odsouzení Leopolda Hilsnera.
Toufar se stal symbolem tažení Státní bezpečnosti proti církvím na přelomu 40. a 50. let 20. století. Ta mu připsala zinscenování takzvaného číhošťského zázraku, kdy se při jeho pravidelném nedělním kázání několikrát pohnul kříž na oltáře. StB v tom spatřovala pokus o zvrácení kolektivizace zpět ke křesťanským hodnotám a Toufar putoval do vazby ve valdické věznici, kde zanedlouho zemřel.
V dubnu 2013 dala Česká biskupská konference souhlas k zahájení procesu Toufarovo blahořečení. O dva roky později byly jeho exhumované ostatky znovu pohřbeny s církevními poctami, na nichž se podílel i tehdejší kardinál Dominik Duka.
O číhošťském zázraku byl natočen v roce 1950 propagandistický film Běda tomu, skrze něhož přichází pohoršení.
