Přes 30 miliard korun šlo na rozvoj vysokých škol, aniž by bylo jasné, jak konkrétně peníze pomohly zlepšit výuku. Resort totiž nesledoval, jestli stát získal odpovídající hodnotu za vynaložené peníze. Celkově ministerstvo podpořilo 600 projektů napříč 26 veřejnými školami. Kontroloři se zaměřili na 13 projektů a prověřoval Ostravskou univerzitu, Univerzitu Jana Evangelisty Purkyně v Ústí nad Labem a Vysokou školu báňskou – Technickou univerzitu Ostrava.
Nejvyšší kontrolní úřad odhalil, že ministerstvo si před rozdělením peněz neurčilo, co přesně chce zlepšit, jak úspěch pozná nebo podle čeho bude výsledky hodnotit. Klíčové dokumenty místo měřitelných cílů obsahovaly obecné formulace bez termínů, výchozích hodnot nebo ukazatelů dopadu. Ministerstvo sledovalo většinou jen technické parametry, například počet nových učeben, obestavěný prostor nebo celkovou užitkovou hodnotu. Tyto parametry však nevypovídají nic o zlepšení výuky.
Některé vysoké školy navíc porušily podmínky dotace. Například nedostatečně zdůvodnily, proč konkrétní výukové prostory nebo nákladné přístroje potřebují. V žádostech o podporu zase občas chyběla informace, kolik studentů a učitelů bude nové vybavení využívat a jak často. V jednom případě vysoká škola pořídila nákladné přístroje, které se nevyužívaly. Šlo o laboratorní stand sloužící k uchycení různých přístrojů a komponentů, který stál tři miliony. Nevyužíval se ani systém pro detailní diagnostiku skalárních a vektorových polí s pořizovací cenou přes 17 milionů korun.
V devíti případech pak školy porušily pravidla, protože nezaslaly včas zprávy o průběhu projektů nebo nesplnily cílové parametry.
