Součástí projektu je mimo jiné rozšíření počtu kolejí ze sedmi na devět, rekonstrukce všech nástupišť a vybudování nové platformy nad kolejištěm, která odstraní bariéry v území, umožní přístupy na jednotlivá nástupiště a nabídne přímý přestup na linku metra B. Hotovo bude v roce 2026.
Masarykovo nádraží leží přímo v centru Prahy a je třetí nejfrekventovanější stanicí na české železnici. Cílem rozsáhlých úprav, které Správa železnic chystá, je přinést cestujícím komfort odpovídající dnešní době. Dojde zejména k rozšíření počtu nástupišť a kolejí a urbanistickému začlenění prostoru nádraží do jeho okolí. Nová nástupiště využijí zejména budoucí vlaky na letiště.
Ve stanici bude celkem šest bezbariérových nástupišť. Rekonstrukcí projde kolejiště, veškeré technologie, trakční vedení a napájení. Stavba se uskuteční za provozu, nutná budou pouze dílčí omezení odpovídající jednotlivým etapám projektu. Přestavba Masarykova nádraží je součástí modernizace železnice z centra Prahy do Kladna.
