Ještě před rekonstrukcí se musely vystěhovat všechny rostliny. Většina z nich našla dočasné útočiště ve skleníku pro zimování palem. Sukulenty a chladnomilné orchideje se přesunuly na letní stanoviště mimo skleník, nejteplomilnější druhy pak do velkých pěstebních skleníků. Chlazená vitrína s láčkovkami ale zůstala na místě, protože ji není možné přemístit.
Staré opláštění skleníků se muselo po 25 letech provozu vyměnit hned z několika důvodů. Materiál byl popraskaný, v komůrkách se usazovala špína a prach a navíc na opláštění začaly růst mechy, které snižovaly propustnost světla. Nejdřív se opravila střecha, pak boční stěny, které doplnilo pět nových oken. Vyměnily se stínící clony, které v létě rostlinám poskytují potřebný stín a v zimě zase zadržují teplo. „Rostliny se začaly vracet do nových skleníků v druhém říjnovém týdnu, kdy nám počasí přálo. Nové skleníky jsou nyní mnohem světlejší, což je pro růst rostlin zásadní,“ uvedl ředitel botanické zahrady Václav Lenk.
Teď zahradu čeká první podzim a zima pod novou střechou, v tomto období se také třídí a čistí posbíraná semínka. A připravuje se další etapa rekonstrukce. Ta se týká větší části pěstebních skleníků s rozlohou zhruba pětkrát větší než při první etapě. Proto nejspíš potrvá déle než jednu sezonu.