Původním jménem Étienne Blum se narodil do židovské rodiny. Jeho otec byl lékař a feministický založená matka ho po otcově smrti vychovávala sama. Po připojení se do skupiny bojující proti nacistické okupaci si Blum své jméno změnil na Étienne-Émile Baulieu.
Po druhé světové válce se z něho stal doktor se zaměřením na steroidní hormony. Poté se však přeorientoval na výzkum pohlavních hormonů a v roce 1982 přišel s látkou, která dokázala účinně blokovat hormon, který stojí za uhnízděním vajíčka v děloze. Brzy na to vznikla perorální potratová tableta s názvem mifepriston, známá i jako RU486, ze které se stala bezpečnější a levnější alternativa chirurgických potratů. Étienne chtěl jediné, aby se každá žena mohla svobodně rozhodnout, zda chce být matkou.
I přes svůj pokrokový objev ho téměř celý jeho život označovali odpůrci potratů za vynálezce pilulky smrti. Lidé se ho i přes to, že od svých 15 let působil v odboji, neštítili srovnávat s nacistickými vědci.
Baulieu pracoval i ve vyšším věku. Snažil se například nalézt lék na Alzheimerovou chorobu nebo na těžké deprese.
