Omezený rozpočet se dotkne nepřímých nákladů výzkumných ústavů, nemocnic a univerzit jako jsou výdaje na chod budov, jejich stav, materiální vybavení, ale i platů podpůrného personálu. Ročně by toto osekání mělo snížit náklady státnímu rozpočtu až o čtyři miliony dolarů, což je v přepočtu necelých sto milionů korun.
Mnoho z odborníků krok amerického prezidenta kritizuje. Podle nich jsou nepřímé náklady nedílnou a velmi důležitou součástí lékařského výzkumu a odráží se v jeho celkové kvalitě. Škrty mohou mít na celou řadu výzkumů katastrofický vliv. Mnoha pacientům se nemusí dostat léčba, kterou potřebují.
Trumpova administrativa se kritice brání. Ušetřené peníze prý poputují na přímé náklady vědeckých výzkumů.
