Den 26. září 1939 byl jeden ze střípků do mozaiky tragického osudu staršího z bratrů Čapkových a začátek jeho konce. Toho dne totiž Josef Čapek putoval do koncentračního tábora v Buchenwaldu. Hned po vypuknutí války ho totiž zatklo gestapo jako jednoho z úhlavních nepřátel Německé říše. Přestože vůči nacistům Josef Čapek veřejně výrazně nevystupoval, doplatil na tvorbu svého bratra a spolupracovníka Karla Čapka, který ve třicátých letech vytvořil legendární hry Válka s mloky či Bílá nemoc, kde přímo varoval před nastupující hitlerovskou mocí. Josef Čapek díla, stejně jako řadu předchozích, opatřil svými kresbami.
V Buchenwaldu zůstal Josef Čapek dva a půl roku, byl v písmomalířské dílně, kde vytvářel nacistickým pohlavárů zdobné rodokmeny. Podobnou práci měl i v táboře v Sachsenhausenu, kam jej nacisté převezli v roce 1942. Na konci války však skončil v táboře Bergen-Belsen, který sice nepatřil mezi vyhlazovací, ale právě v době Čapkova příjezdu v něm vypukla epidemie tyfu, což byla pro malíře a spisovatele poslední kapka. Podle očitých svědků byl 13. dubna 1945 ještě naživu, toho dne ale jeho stopa definitivně mizí. Jeho tělo se nikdy nenašlo, podle historiků se osvobození tábora už nedožil.
Jeho dílo však zůstalo. Neprosadil se totiž jen jako spolupracovník svého bratra Karla, ale i jako samostatný autor. Napsal například povídky Stín kapradiny či Kulhavý poutník, uměleckou nesmrtelnost mu pak zaručila dětská kniha Povídání o pejskovi a kočičce jak spolu hospodařili a ještě o všelijakých jiných věcech.
