Cena léku na předpis se netvoří volně podle trhu, ale podle přesných pravidel, která stanovuje stát. Ministerstvo zdravotnictví a Státní ústav pro kontrolu léčiv určují takzvaný cenový strop, tedy maximální cenu, za kterou se může přípravek prodávat.
Ten se vypočítává podle průměru tří nejnižších cen stejného léku v zemích EU. K této částce se připočítává distribuční a lékárenská přirážka a DPH. Přirážka je degresivní, takže u levnějších léků bývá procentuálně vyšší než u těch dražších.
Částka, kterou pacient doplácí, tvoří rozdíl mezi konečnou cenou a tím, co za lék zaplatí pojišťovna. Lišit se může nejen podle výrobce, ale i podle konkrétního kódu přípravku nebo obchodní politiky lékárny. Originální léky mívají zpravidla vyšší cenu než generika, tedy léky, které obsahují stejnou účinnou látku ve stejném množství a ve stejné lékové formě jako originální lék. Navíc každý výrobce může zvolit jinou cenovou strategii a pacient pak v jedné lékárně zaplatí víc než v jiné.
Lékárníci dlouhodobě upozorňují, že systém je pro pacienty nesrozumitelný a působí dojmem nespravedlnosti. Lidé se prý často diví, proč musí za lék platit, když jeho známý bere stejný a doplácet nemusí. Přehlednější by podle odborníků bylo, kdyby stát nastavil jednotné doplatky pro všechny přípravky se stejnou účinnou látkou.
