Kompletní modernizací nádraží v Přerově v letech 2009 až 2014 investice do komplexu budov neskončila. Správa železnic totiž oznámila, že v roce 2027 hodlá začít s opravou výpravny. Ta si vyžádá 75 milionů korun, přestože její využití pro komerční účely je nepravděpodobné. Uvažuje se však o tom, že by výpravna mohla sloužit jako úřední budova.
Zmíněná rekonstrukce bude poslední tečkou za kompletní modernizací, která v Přerově skončila před deseti lety. Při ní došlo i na rekonstrukci, která umožnila zvýšení povolené rychlosti na 160 kilometrů v hodině. Došlo také na rekonstrukci hlavních i předjízdných kolejí, přebudování nástupišť a stavbu mostu přes řeku Bečvu.
V souvislosti s opravou výpravní budovy budou železničáři v Přerově investovat také do průběžné opravy výhybek. Ty vyjdou na 20 milionů ročně.