Většina přírodních koupališť je zatím mimo provoz, ale hygienici už zahájili pravidelné kontroly kvality vody.
Zákaz koupání zatím nebyl nikde vydán, ale hygienici varují před koupáním v některých lokalitách. Nejhůře je na tom nádrž Brušperk I. v Moravskoslezském kraji, která byla označena jako nevhodná ke koupání kvůli vysokému výskytu sinic. Podobné problémy hlásí také Máchovo jezero, kde voda kvůli sinicím není ideální, a citlivějším osobám se doporučuje po koupání sprcha.
Zhoršenou kvalitu vody mohou mít také místa zasažená přívalovými dešti či povodněmi, kde hrozí vyšší riziko infekčních onemocnění. Koupání se tam doporučuje odložit.
Přehledná mapa aktuální kvality vody je dostupná na webu koupacivody.cz.