Tragédii tenkrát přežily jen čtyři ženy, které seděly v zadní části letadla. Vyšetřování prokázalo, že příčinou byla vadná oprava tlakové přepážky v ocasu stroje provedená sedm let před nehodou. Panel byl upevněný pouze jednou řadou nýtů místo dvou, kvůli tomu praskl. Následná exploze utrhla část ocasu a přerušila vedení všech hydraulických systémů. Letoun ztratil možnost běžného řízení a piloti jej mohli ovládat jen úpravou tahu motorů.
Přesto dokázali stroj udržet ve vzduchu déle než půl hodiny, což odborníci považují za mimořádný výkon. Žádné z posádek, které později simulovaly stejnou situaci, se nepodařilo dosáhnout podobného výsledku. Přesto let skončil tragicky. K místu tragédie se navíc velmi dlouho dostávaly záchranné složky. Zranění čekali na záchranu 12 hodin, a to se pro většinou z nich stalo osudným.
S počtem 520 obětí zůstává pád letu JAL 123 nejsmrtonosnější havárií jediného letadla v historii. Překonala ji pouze katastrofa na Tenerife v roce 1977, kdy se srazily dva Boeingy 747.
Příběh nehody se stal předlohou pro řadu dokumentů, včetně seriálů Letecké katastrofy a Vteřiny před katastrofou. Nahrávka z černé skříňky se dokonce objevila jako skrytá stopa na albu Reise, Reise německé skupiny Rammstein.
