Mafiána zatkli na soukromé klinice La Maddalena v Palermu, kde byl před rokem na operaci a od té doby chodil pravidelně na chemoterapii. Měl falešné doklady na jméno Andrea Bonafede.
Zatčení provázely povzbudivé výkřiky a potlesk pacientů a dalších lidí, kteří zásahu přihlíželi.
Po zatčení převezla uprchlíka eskorta nejprve do kasáren San Lorenzo, poté na letiště Boccadifalco, odkud putoval do vězeňského zařízení s maximální ostrahou. Současně policie zadržela také Giovanniho Luppina Campobella di Mazara, který svého šéfa doprovázel na kliniku.
Messina Denaro převzal vedení Cosa Nostry poté, co policie dopadla předchozí šéfy mafie, kterými byli Bernardo Provenzano a Salvatore Lo Piccolo. Před justicí se Messina Denaro skrýval od roku 1993. Soud ho tehdy poslal na doživotí do vězení mimo jiné za bombové útoky ve Florencii, Římě a Miláně v roce 1993. Tehdy zemřelo deset lidí. Prokuratura ho podezírala i v souvislosti s desítkami dalších vražd, které se připisují italské mafii.
V létě 1993 Denaro napsal své tehdejší přítelkyni Angele po zmíněných bombových masakrech: "Uslyšíš o mně," a naznačil, že ví, že jeho jméno bude policie brzy spojovat s vážným krveprolitím. "Vykreslí mě jako ďábla, ale všechno jsou to lži."
