Stojí na vyvýšené vápencové skále v pražských Hlubočepích. Postavíte-li se zády k němu, naskytnete se vám výhled na rekonstruovanou sochu svatého Jana Nepomuckého. V pozadí pak je Vltava, Vyšehrad, vyšehradský železniční most, Emauzské opatství a nově také Musoleum umělce Davida Černého.
Barokní kostel, jehož vznik se datuje mezi roky 1713 až 1714, vznikl jako centrum někdejší osady Zlíchov. Traduje se, že na jeho místě bývávalo pohanské pohřebiště. Ostatně menší hřbitov s ohradní zdí je zde k vidění dodnes, i když se už více než sto let k pohřbívání nevyužívá. Na hřbitově si ale připomenete nejednu významnou osobnost. Najdete zde odkaz rodiny Hergetů, zámožných podnikatelů, kteří se významně zapsali do rozvoje Prahy. Franz Anton Leonard Herget například založil Hergetovu cihelnu na Malé Straně. Svůj odkaz tu má i písničkář a herec Karel Hašler.
Na místě dnešního kostela původně stála románská kaple svatého Štěpána ze třináctého století. Později se proměnila na gotickou kapli, ta ale nepřežila husitské války. Až do sedmnáctého století ji vlastnili utrakvisté, od kterých ji odkoupili jezuité z Klementina. Původní gotickou kapli srovnali se zemí a na jejím místě postavili barokní kostel zasvěcený Filipovi a Jakubovi. Kostel je netradičně orientovaný na sever.
Váže se k němu také pověst o Horymírovi z Neumětel, který za vlády knížete Křesomysla na svém koni Šemíkovi unikal smrti. Z Vyšehradu prý Šemík doskočil až sem. O něco uvěřitelnější verze říká, že když skočil z vyšehradské skály a překonal Vltavu, prohnal se jeho kůň právě přes zlíchovskou skálu. Otisk jeho kopyt v ní údajně zůstal dodnes.