Rys ostrovid je největší z českých kočkovitých šelem a je chráněn zákonem o ochraně přírody a krajiny. Po vymizení populace se rys vrací díky přirozené migraci ze Slovenska a reintrodukčním programům. Jedním z klíčových nástrojů pro studium a ochranu rysa je monitoringu. K tomu se využívají fotopasti, telemetrické obojky a genetické analýzy. Telemetrie umožňuje sledování pohybu zvířat, zatímco fotopasti poskytují přesné snímky jejich aktivity.
Životní prostředí rysů je ohroženo urbanizací, fragmentací krajiny , nelegálním lovem a nehodami, kdy jsou rysy zraněni či usmrceni na silnicích. Přes právní ochranu je rys často terčem pytláků. Hlavním cílem ochrany je minimalizace těchto rizik a zachování přírodního prostředí pro rysy.