Třičtvrtě století se ekologové dohadují nad tím, zda oblast soutoku řek Moravy a Dyje zahrnout do seznamu chráněných krajinných oblastí. Diskuzím je v současnosti nejspíš konec. Ministerstvo životního prostředí zahájilo proces k větší ochraně zmíněné oblasti. Důvodem je především fakt, že na soutoku obou řek se nachází největší lužní komplex v České republice, jsou tam i významné mokřady, jejichž obdoba se u nás objevuje už jen na jediném místě, v Krušných horách.
Na soutoku žije 250 druhů ptáků, 140 druhů z nich tam hnízdí. Patří mezi ně i orel královský. Žije tam také osmdesát procent našich původních ryb, které už nikde jinde v Česku nežijí, jako například drsek větší, drsek menší nebo jeseter malý. V roce 2018 tam odborníci objevili i dosud neznámý duh brouka, který dostal pojmenování kožojed moravský.
Soutok je už několik let na seznamu světového dědictví UNESCO jako součást Lednicko-valtického areálu.
