Nejvyšší soud řeší problém ohledně transsexuality, protože koncepce tuzemského vězeňství takovou problematiku nereflektuje. Podle něho chybí v současné době jasná pravidla, která by řešila potřeby vězňů, kteří prochází tranzicí nebo už změnu pohlaví dokončili. Koncepce dosud bere v potaz pouze původní pohlaví a nerespektuje to aktuální, dané například i chirurgickým zákrokem.
Podle Nejvyššího soudu může přehlížení potřeb těchto osob výrazně ztížit jejich resocializaci a návrat do běžného života i po vykonání trestu. Navíc ve vězení se tak podle původního nálezu Ústavního soudu může ocitnout i osoba se znaky opačného pohlaví, než jaké jí uznává stát.
Zmocněnkyně pro lidská práva Klára Šimáčková Laurenčíková žádá o zařazení statě o péči o trans osoby do zmíněné vězeňské koncepce. Podle ní by do odpovídalo zprávě Evropského výboru pro zabránění mučení a nelidskému a ponižujícímu zacházení nebo trestání. Ministerstvo spravedlnosti však k něčemu podobnému kladné stanovisko zatím nedalo.
